佛殿和经堂合称“大独瓜”，为召庙主体建筑，占地3000多平方米，殿宇全部用黄绿两色璃璃瓦覆盖，召顶五脊四坡形，并堆砌各式图案花纹。召内的彩色壁画精细、逼真，形象的展现各个朝代的历史人物、风俗、佛教故事，以及山水、花草。佛殿内，镀铜的泥塑佛像神态各异、栩栩如生。

      准格尔召较完整的保留了黄衣喇嘛教的佛事活动仪式。每年，在准格尔召举行传统庙会（农历四月定期举办玛尼会，七月举办雅尼会）。庙会时，鄂尔多斯草原上大小召庙都派喇嘛到会诵经。喇嘛们身穿紫色红袍，头戴月牙高帽，吹起高亢的“布日也”长号。方圆数十里，号声悠悠，更增添了这座古刹的神威。同时，还伴有有趣的查穆舞。这些宗教活动对研究北方蒙古族的文化、医学、历史都有极高的价值，对研究蒙古族政教史也有着特殊的意义。